근로자가 사내복지기금법에 따라 사내복지기금으로부터 지급받은 의료
비는 종합소득세를 계산할 때 의료비 공제대상에 포함되지 않는다.
　
재경부는 최근 국세청이 “사내근로복지기금에서 지급받은 의료비가
의료비공제 대상에 포함되느냐”는 내용에 유권해석을 내렸다.
　
또한 국민건강보험공단이 병원이나 약국에 요양급여비를 지급할 때는
약품비를 포함한 가격에 대해 원천징수를 해야 한다.
　
재경부는 이와 함께 “부가가치세가 면제되는 약사의 의약품 조제용역
대가에는 조제에 필수적으로 부수되는 약품의 가격이 포함된다”고 밝
혔다.

국세청은 “사내근로복지기금에서 받는 의료비보조금은 근로소득으로
보지도 않고 증여세도 비과세되면서 근로자 본인 부담도 아니라서 의
료비공제 대상에 포함돼서는 안된다"고 주장했다.
　
국세청은 그러나 “현행법에는 의료비 공제대상이 아니라는 어떤 규정
도 없으므로 공제대상에 포함시켜야 한다는 견해도 있다”며 명확한
유권해석을 재경부에 요청했었다.
　
이에 따라 “국민건강보험공단이 의약품의 조제용역에 대해 요양급여
비를 지급하는 때는 소득세법에 따라 원천징수 규정을 적용해야 한
다”고 예규에 명시 사내복지기금에서 받은 의료비가 공제대상에서 제
외됨에 따라 많은 근로자들이 혜택을 입게 될 전망이다.